CakePHPでよく使うプラグイン（DebugKit + TwigView + TwitterBootstrap + Search）を最初から入れてあるものを、git使って最新のもので構築できるようなシェルスクリプトを作りました。
https://gist.github.com/stealthinu/5610193#file-makecake-sh
このスクリプトをmakecake.sh等の名前で保存してプロジェクト名を指定して実行すると、カスタマイズされたcakephpが作られます。
$ wget https://raw.github.com/gist/5610193 -O makecake.sh $ chmod +x makecake.sh $ ./makecake.sh mycakephp
などとすると、mycakephp に CakePHP-2 + DebugKit + TwigView + TwitterBootstrap の環境が作られます。
その際に、core.php / bootstrap.php / AppController.php に必要最低限の設定も追加修正されます。
こちらのページを参考にさせていただきました。
Searchプラグインを使ってCakePHPに検索を実装する | mawatari.jp
（追記）
CakePHPの本体部分をsubmoduleとして使うように設定し、CakePHPのバージョンアップ対応を簡単に行えるようにしました。
（参考）
俺流CakePHPセットアップ方法 - a long log
http://longkey1.net/blog/2012/12/15/the-personal-method-of-setup-of-cakephp/
